どのヴァージョンからそうなったのかわかりませんが SciNotes で日本語コードを選択できるようになってます.(いろんな言語がサポートされてる.)
デフォルトは UTF-8 のようなので,たとえば EUC で書かれたファイルは文字化けしますが, 日本語コードを EUC にするとちゃんと表示されます.
しかし,セーブしようとすると
と表示され,UTF-8 でないとセーブできません.
これからはUTF-8 にしろってことだと思います。
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